посмотрите в таблице шаблона поиска на переменную URL - на какой домен все проиндексировалось? И с какого домена осуществляется поиск?

В таблице БД, настройках модуля и в адресной строке браузера домены совпадают.

вплоть до "www"?
Значит, Вы что-то меняли в системных настройках шаблона.

Поиск остался от прилагаемых примеров. Естественно с изменением соответствующих настроек модуля.
Еще я перенес раздел из search в menu/search

!!!

какие прилагаемые примеры Вы имеете в виду? Модуль поиска поставляется отдельным файлом, без примеров. И какие настройки Вы меняли у модуля?

Действительно, бывает, что поиск криво встаЈт. Возможно зависит от сборки модуля-системы. Попробуйте сделать вот что.
Через phpMyAdmin зайдите в таблицу Modules, и отредактируйте поле Parameters модуля поиска примерно так:

INDEX_TABLE=3(пробел)(перевод строки)
ALLOWED_URLS=www.domain.ru(пробел)(перевод строки)
START_URL=www.domain.ru/sitemap/(пробел)(перевод строки)
DISALLOWED_URLS=www.domain.ru/download/(стоп)

После этого переиндексируйте ещЈ раз. Не скажу точно, что при этом меняется, но мне в своЈ время помогло.

Чтобы в пустую не вести тут дискуссию и вы легальный пользователь, пишите на support@netcat.ru с указанием рег. номера и данных для доутспа в админку, специалисты посмотрят и скажут, что вы забыли сделать.

А для чего пробел и перевод строки?
И как заставить что либо искать?

Как проиндексировать несколько сайтов?
Пишу через запятую сайты, но при индексации пишет только про первый.

Дождитесь понедельника, выйдет 8-е обновление, там все это исправлено.

"новый поиск" гут!

ЕщЈ добавлю вопрос по данной теме:
Возможно ли сделать DISALLOW индексации для URL типа "версия для печати" или показа фотоальбомов идущих через "?template=.." и т.п.?

Спасибо.

header('HTTP/1.1 404 Not Found');
в шаблон вывода навигации указываемого макета и все, никакие настройки модуля не нужны.

Миф, спасибо! :)